Luigi Ricciardi 1 , Rosa Mazzeo 2,*© , Angelo Raffaele Marcotrigiano 1 , Guglielmo Rainaldi 3 , Paolo Iovieno 4 , Vito Zonno 1 , Stefano Pavan 1© ja Concetta Lotti 2,*
- 1 Maaperä-, kasvi- ja elintarviketieteiden laitos, Kasvien genetiikka ja jalostusyksikkö Barin yliopisto, Via Amendola 165/A, 70125 Bari, Italia; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (ARM); vito.zonno@uniba.it (VZ); stefano.pavan@uniba.it (SP)
- 2 Maatalous-, elintarvike- ja ympäristötieteiden laitos, Foggian yliopisto, Via Napoli 25, 71122 Foggia, Italia
- 3 Biotieteiden, bioteknologian ja biofarmasian laitos, Barin yliopisto, Via Orabona 4, 70125 Bari, Italia; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 Energiateknologian laitos, Bioenergia, Biojalostamoiden ja vihreän kemian osasto, ENEA Trisaia Research Center, SS 106 Ionica, km 419+500, 75026 Rotondella (MT), Italia; paolo.iovieno@enea.it
* Kirjeenvaihto: rosa.mazzeo@unifg.it (RM); concetta.lotti@unifg.it (CL)
Tiivistelmä:
Sipuli (Allium cepa L.) on maailman toiseksi tärkein vihanneskasvi, ja sitä arvostetaan laajalti sen terveysvaikutuksista. Huolimatta merkittävästä taloudellisesta merkityksestään ja arvostaan terveysvaikutteisena ravinnona, sipulin geneettistä monimuotoisuutta on tutkittu huonosti. Tässä tutkimme "Acquaviva punasipulin" (ARO) geneettistä vaihtelua, maarodua, jolla on sata vuotta vanha viljelyhistoria pienessä kaupungissa Barin maakunnassa (Apulia, Etelä-Italia). 11 mikrosatelliittimarkkerin sarjaa käytettiin tutkimaan geneettistä vaihtelua ituplasmakokoelmassa, joka koostui 13 ARO-populaatiosta ja kolmesta yleisestä kaupallisesta tyypistä. Geneettisen rakenteen analyysit parametrisilla ja ei-parametrisillä menetelmillä korostivat, että ARO edustaa hyvin määriteltyä geenipoolia, joka eroaa selvästi Tropean ja Montoron maaroduista, joihin se usein erehtyy. Tavallisesti tuoreena kulutukseen käytettävien sipulien kuvauksen saamiseksi arvioitiin liukoisen kiintoaineen pitoisuus ja pistävä vaikutus, mikä osoitti korkeampaa makeutta ARO:ssa verrattuna kahteen edellä mainittuun maarotuun. Kaiken kaikkiaan tämä tutkimus on hyödyllinen ARO:n tulevalle arvostamiselle, jota voitaisiin edistää laatumerkinnöillä, jotka voisivat osaltaan rajoittaa kaupallisia petoksia ja parantaa pienviljelijöiden tuloja.
esittely
Allium-sukuun kuuluu noin 750 lajia [1], joista sipuli (Allium cepa L., 2n = 2x =16) on yksi yleisimmistä. A. cepalla on kaksivuotinen kierto ja risteyttävä lisääntymiskäyttäytyminen. Nykyään sipulin maailmanlaajuinen tuotanto (97.9 Mt) tekee siitä tomaatin jälkeen toiseksi tärkeimmän vihanneskasvin [2]. Muinaisista ajoista lähtien sipulipullia on käytetty sekä elintarvikkeina että kansanlääketieteessä. Itse asiassa muinaiset egyptiläiset raportoivat jo useista terapeuttisista kaavoista, jotka perustuivat valkosipulin ja sipulin käyttöön vuodelta 1550 eaa peräisin olevassa lääketieteellisessä papyruksessa, Codex Ebersissä [3].
Tämä monipuolinen ja terveellinen kasvis kulutetaan raakana, tuoreena tai jalostettuna, ja sitä käytetään monien ruokien makua parantamaan. Useat viimeaikaiset tutkimukset väittävät, että sipulin kulutus voi vähentää sydän- ja verisuonisairauksien [4,5], liikalihavuuden [6], diabeteksen [7] ja erilaisten syöpien [8–10] riskiä. Sipulin terveysominaisuudet johtuvat usein kahden luokan ravintoaineyhdisteiden korkeasta tasosta: flavonoideista ja alk(en)yylikysteiinisulfoksideista (ACSO:ista). Ensimmäiseen luokkaan kuuluvat flavonolit ja antosyaanit. Kvertsetiini on tärkein havaittavissa oleva flavonoli, joka tunnetaan vahvoista antioksidanttisista ja anti-inflammatorisista ominaisuuksistaan vapaita radikaaleja poistavassa ja siirtymämetalli-ionien sitomisessa. [11]; kun taas antosyaanit antavat punaisen/violetin värin joillekin sipulilajikkeille. ACSO:ista runsain on isoalliini [(+)-trans-S-1-propenyyli-L-kysteiinisulfoksidi] [12], soluihin varastoitunut haihtumaton ja ei-proteiinia aiheuttava rikkiaminohappo, joka on epäsuorasti vastuussa sipulin pistävästä aromista ja mausta [13]. Kudosten rikkoutuessa alliinaasientsyymi pilkkoo isoalliinin muodostaen sarjan haihtuvia yhdisteitä (pyruvaatti, ammoniakki, tiosulfonaatit ja propaanitiaalinen S-oksidi), jotka aiheuttavat repeytymistä ja aiheuttavat epämiellyttävää hajua (pistävä). [14]. Sipulin voimakkuus mitataan usein hydrolyysissä syntyneen palorypälehapon määränä grammaa kohti tuorepainoa. [15.16].
Välimeren alueen maissa ehdotetaan yhdeksi toissijaisiksi monimuotoisuuden keskuksista a. rasitus [17.18], sipulisipulien muoto, koko, väri, kuiva-aine ja pistävä laatu vaihtelevat suuresti [19-yksi]. Lisäksi rikkipohjainen lannoitus, agronomiset käytännöt, maaperä, ilmasto-olosuhteet ja lajikkeiden tai maarotujen genotyyppi voivat vaikuttaa sipulin laatuun antamalla erityisiä aistinvaraisia ja ravitsemuksellisia arvoja. [23-yksi]. Italiassa sipulin ituplasman laajasta saatavuudesta huolimatta vain muutamat sipulilajikkeet ovat usein tieteellisten tutkimusten kohteena ja asianmukaisesti karakterisoituja. [28.29].
Maatalouden biologisen monimuotoisuuden perusteellinen geneettinen ja fenotyyppinen karakterisointi on ratkaisevan tärkeää, jotta varmistetaan kasvigeenivarojen asianmukainen säilyminen ja edistetään tiettyjen genotyyppien käyttöä arvoketjussa. [30-yksi]. Karttaukseen on usein valittu yksinkertaisia sekvenssitoistomarkkereita (SSR). [33-yksi], DNA-sormenjäljet ja lajikkeiden syrjintä [36-yksi]ja luotettava arvio geneettisestä vaihtelevuudesta maarotujen sisällä ja niiden välillä [39-yksi], koska ne ovat lokusspesifisiä, multialleelisia, kodominanttisesti periytyviä, erittäin toistettavia ja soveltuvat automaattiseen genotyypitykseen.
Tässä tutkimuksessa keskitimme huomiomme Apulian perinteiseen maarotuun, "Acquaviva punasipuliin" (ARO), jota viljellään luomuviljelymenetelmillä pienellä alueella Acquaviva delle Fontin kaupungissa Barin maakunnassa. (Apulia, Etelä-Italia). Tämän maatiaislajin sipulit ovat suuria, litistettyjä ja punaisia, ja niitä käytetään suurelta osin paikallisissa resepteissä. Vaikka ARO sai Slow Food Presidium -laatumerkin, sen tuotantoa voitaisiin edelleen edistää ja suojata Euroopan unionin laatumerkeillä, kuten suojatulla maantieteellisellä merkinnällä (SMM) ja suojatulla alkuperänimityksellä (POD), koska nämä voivat osaltaan rajoittaa kaupalliset petokset ja parantaa pienviljelijöiden tuloja. Tässä SSR-molekyylimarkkereita käytettiin tehokkaina työkaluina arvioimaan geneettistä vaihtelua ARO-populaatioiden välillä ja erottamaan tämä maarotu kahdesta muusta Etelä-Italian punasipulista. Lisäksi arvioimme pisaruuden ja liukoisen kiintoainepitoisuuden arvioidaksemme ARO-makua suhteessa markkinoiden kysyntään.
tulokset
Acquaviva Red Onion Germplasm Collectionin perustaminen ja morfologinen karakterisointi
ARO:n ituplasmakokoelman perustamiseen käytettiin viljelijöiden BiodiverSO Apulia Region -projektin puitteissa lahjoittamia 13 ARO maatiaisrodun populaation siemeniä.
Sipuliin, kuoreen ja lihaan liittyvät morfologiset kuvaajat kerättiin ARO- ituplasmalta ja kolmelta sipulimaarodulta, joista kaksi kuului "Tropea red onion" (TRO) maarotuun ja yksi "Montoro kuparisipuli" (MCO) maarotuun (kuva 1). Kaikki ARO-sipulit olivat litteitä ja niille oli tunnusomaista punainen ulkokuori ja liha punaisen eri sävyillä. Sitä vastoin TRO-sipulien liha oli täysin punaista, kun taas MCO-sipulien liha oli huonosti pigmentoitunut (taulukko S1). Biokemiallinen analyysi mahdollisti kiinteän aineen liukoisen pitoisuuden ja pistävän vaikutuksen arvioinnin. Kuten taulukossa kerrotaan 1, sipulien kiintoainepitoisuuden keskiarvot ARO-populaatioissa olivat 7.60 ja vaihtelivat välillä 6.00 (ARO12) - 9.50° Brix (ARO11 ja ARO13). Tämä arvo oli korkeampi kuin TRO- ja MCO-maaroduille arvioitu (4.25 ja 6.00° Brix).
Taulukko 1. Kiinteän liukoisen pitoisuuden ja pisaruuden arvot arvioitu "Acquaviva Red Onion" (ARO), "Trope Red Onion" (TRO) ja "Montoro Copper Onion" (MCO) populaatioissa *.
CODE | Liukoinen kiintoainepitoisuus (Brix) | Pisteisyys (pmolg-1 FW) | ||
Mean | CV y (%) | Mean | CV y (%) | |
ARO1 | 6.25 D * | 5.65 | 5.84 ab * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC | 4.87 | 6.51 | 22.98 |
ARO3 | 7.50 BCD | 9.42 | 5.28 ab | 22.88 |
ARO4 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.97 | 3.74 |
ARO 5 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.80 | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51 ab | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC | 4.87 | 5.25 ab | 15.44 |
ARO8 | 9.00 AB | 0.00 | 7.04 | 3.49 |
ARO9 | 8.25 ABC | 4.28 | 6.84 | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC | 0.00 | 5.94 ab | 6.57 |
ARO11 | 9.50 A | 7.44 | 5.54 ab | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91 ab | 9.70 |
ARO13 | 9.50 A | 7.44 | 6.63 | 24.93 |
MCO | 6.00 D | 0.00 | 4.18 ab | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 b | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28 ab | 4.79 |
* Keskiarvot, joissa on samat kirjaimet isoilla tai pienillä kirjaimilla, eivät ole tilastollisesti erilaisia arvoilla 0.01P tai 0.05P (SNK:n testi). y Variaatiokerroin.
ARO-piskeyden keskiarvo, arvioituna pyruviinihappopitoisuuden perusteella, oli 6.00, vaihteli välillä 4.51 pmol g-1 FW (ARO6) - 7.04 (ARO8). Tämä arvo oli korkeampi kuin arvioitu TRO- ja MCO-maaroduilla (3.54 pmol g-1 FW ja 4.18 pmol g-1 FW, vastaavasti).
SSR:n polymorfismi ja geneettiset suhteet liittymien välillä
Tässä tutkimuksessa 11 testatusta SSR-alukeyhdistelmästä 37:stä sai aikaan yhden lokuksen polymorfismeja, eli ne tuottivat enintään kaksi amplifikaatiotuotetta yhdessä yksilössä. Kaiken kaikkiaan 55 alleelia havaittiin 320 yksilöstä, joiden alleelien määrä lokusta kohti vaihteli 2:sta (ACM147 ja ACM 504) 11:een (ACM132) ja keskiarvo 5 alleelia (taulukko 2). Yksittäisissä populaatioissa alleelien (Na) lukumäärä vaihteli välillä 1.94 (ACM147 ja ACM504) - 5.38 (ACM132), kun taas alleelien (Ne) tehokas määrä vaihteli välillä 1.41 (ACM152) - 2.82 (ACM449). Erot Na- ja Ne-arvojen väliset erot johtuivat alleelien esiintymisestä, joiden esiintyvyys populaatioissa oli alhainen, ja vain muutaman alleelin vallitsemisesta. Korkein havaittu heterotsygoottisuus (Ho) korostettiin ACM138:lle ja ACM449:lle (0.62), kun taas pienin liittyi ACM152:een (0.25). Odotettu heterotsygoottisuus (He), joka vastaa teoreettista odotusta panmiktisessa populaatiossa, vaihteli välillä 0.37 (ACM504) - 0.61 (ACM132, ACM138 ja ACM449). Wrightin kiinnitysindeksi (Fis) näytti arvot lähellä nollaa (keskiarvo 0.05) kaikille markkereille, mikä osoittaa samanlaiset arvot havaittujen ja odotettujen heterotsygoottisuustasojen välillä, kuten odotettiin risteytyvän lajin kohdalla. Yksittäisen SSR-markkerin tehokkuus geneettisessä sormenjäljessä arvioitiin polymorfisen informaation sisältöindeksillä (PIC), jonka keskiarvo oli 0.48 ja vaihteli välillä 0.33 (ACM504) - 0.67 (ACM132). Toinen tehokkuusindeksi, Shannonin tietoindeksi (I), näytti keskiarvon 0.84, ja oletetut arvot vaihtelivat välillä 0.45 (ACM152) - 1.20 (ACM132).
Taulukko 2. ARO-, TRO- ja MCO-populaatioiden geneettisen monimuotoisuuden arvioimiseen käytettyjen 11 SSR-markkerin polymorfismiominaisuudet. Alleelien kokonaismäärä (Na), kaistan kokoalue ja polymorfisen tiedon sisältöindeksi (PIC) Katso tässä tutkimuksessa genotyypitettyjen 320 yksilön kokonaismäärä. Alleelien lukumäärä (Na), tehokkaiden alleelien määrä (Ne), havaittu heterotsygoottisuus (Ho), odotettu heterotsygoottisuus (He), kiinnitysindeksi (F)is), ja Shannonin tietoindeksi (I) viittaavat keskiarvoihin, jotka on laskettu 16 populaatiosta, joista jokainen koostuu 20 yksilöstä.
Locus. | Yhteensä Na | Kokoalue (bp) | PIC | Mean | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -0.02 |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -0.01 |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -0.06 |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -0.03 |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
Mean | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Populaatioista ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1 ja MCO osoittivat suurta geneettistä vaihtelua (Ho> 0.5), kun taas pienin monimuotoisuus havaittiin populaatiossa ARO7 (Ho = 0.27) (lisätaulukko S2). Kaiken kaikkiaan kaikki liittymiset olivat Fis arvot lähellä nollaa (Fis keskiarvo = 0.054), kuten odotettiin satunnaisissa paritteluolosuhteissa.
Molekyylivarianssin ja geneettisen rakenteen analyysi
Geneettisen variaation hierarkkinen jakautuminen populaatioiden kesken ja sisällä laskettiin AMOVA:lla. Tulokset osoittivat huomattavan osan geneettisestä vaihtelusta populaatioiden sisällä (87 %). Populaatioiden välinen vaihtelu, 13 %, oli erittäin merkittävä (P < 0.001) (Taulukko 3). Fpt-parametrin, joka on analoginen Wrightin Fst-kiinnitysindeksin kanssa, parittaiset arvot, jotka vaihtelivat välillä 0.002 (ARO2/ARO10) - 0.468 (ARO7/TRO2), olivat merkittäviä (P < 0.05), paitsi yhdeksän parivertailua (lisätaulukko S3).
Taulukko 3. 320 genotyypin molekyylivarianssin analyysi 16 populaatiosta Allium cepa L.
lähde | df | Neliöiden summa | Varianssiarvio | Varianssi (%) | Fpt | P |
Väestön keskuudessa | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
Populaatioiden sisällä | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
Yhteensä | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Geneettisen rakenteen tutkiminen a. rasitus Tässä tutkimuksessa genotyypitetty kokoelma suoritettiin STRUCTURE-ohjelmistoon toteutetun sekoitusmallipohjaisen klusterointianalyysin avulla. Evanno AK -menetelmä ehdotti jakamista kahteen klusteriin (K = 2) informatiivisimmaksi. aineisto,kanssa the seuraava korkein peak at K = 5 (täydentävä Rgure S1). haarukka = 2, ahpopulations were perseigned to onjaf kaksi klusteria with a rnernbertoip-kerroin (q) > 0.7. Kuten shown sisään Kuva 2a, ensimmäinen klusteri (nimeltään S1) sisälsi MCO- ja kaikki ARO-populaatiot, kun taas S2-klusteri ryhmitteli kaksi TRO-populaatiota. Arvolla K = 5, mikä antaa tarkemman kuvauksen tietojoukosta (kuva 2b), 75 % liittymisistä määrättiin johonkin viidestä klusterista. ARO:n (S1) ja TRO:n (S2) erottaminen vahvistettiin, vaikka jotkut ARO-populaatiot sekoitettiin (q < 0.7) tai ryhmiteltiin erikseen kahteen uuteen klusteriin S3 ja S4 (ARO7 ja ARO12, vastaavasti). Mielenkiintoista on, että kaupallinen MCO-tyyppi muodosti erillisen klusterin (S5), joka oli erotettu Apulian punasipulista.
Geneettiset suhteet populaatioiden välillä
SSR-polymorfismi mahdollisti geneettisen monimuotoisuuden dendrogrammin piirtämisen ja fylogeneettisen analyysin tulokset on esitetty kuvassa 3a. Täällä ituplasmakokoelma jaettiin viiteen ryhmään, joita bootstrap-arvot tukevat voimakkaasti. ARO7- ja ARO12-populaatiot erotettiin välittömästi jäljellä olevista populaatioista ja muodostivat kaksi erillistä klusteria. Kolmas klusteri sisälsi kaksi kaupallista TRO-populaatiota, kun taas neljäs solmu jakoi MCO:n yhdestätoista ARO-populaatiosta. Populaatioiden välistä geneettistä suhdetta tutkittiin edelleen pääkoordinaattianalyysin (PCoA) avulla (kuva 3b). Kuten aiemmin korostettiin, ARO-populaatiot ryhmiteltiin tiukasti, paitsi ARO12 ja ARO7, jotka esiintyivät eristyneissä paikoissa PCoA-kaaviossa. Kaksi TRO- ja MCO-populaatiota olivat hajallaan käyrän oikeassa alakulmassa.
Kuva 3. Geneettinen monimuotoisuus 16 a. rasitus tässä tutkimuksessa kuvatut populaatiot SSR-profiilin perusteella. (a) Geneettisen etäisyyden UPGMA-dendrogrammi. Bootstrap-tukiarvot >50 on merkitty vastaavien solmujen yläpuolelle; (b) pääkomponenttianalyysi (PCoA). Punaisella ympyröity klusteri vastasi täysin fylogeneettisellä analyysillä luotua ryhmää, joka muodostui 11 ARO-liitännästä.
Keskustelu
Etelä-Italiassa perinteisesti viljellyn suuren maatalouden biologisen monimuotoisuuden joukossa sipulimaalajit edustavat niche-tuotteita, jotka on suojeltava geneettisen eroosion riskiltä ja uhalta, että ne korvautuvat nykyaikaisilla lajikkeilla. Alueellisen BiodiverSO-projektin puitteissa, jonka tavoitteena on kerätä, karakterisoida, edistää ja turvata Apulian alueen geneettisiä resursseja, jotka ovat vahvasti yhteydessä paikalliseen perintöön, perustimme 13 ARO-maaeläinten populaation siemenkokoelman. Raportoimme ensimmäisen arvioinnin ARO:n vaihtelusta DNA-polymorfismien ja kahden biokemiallisen parametrin, liukoisen kiintoaineen ja palorypälehappopitoisuuden suhteen, jotka liittyvät makuominaisuuksiin ja ovat tärkeitä tuoreiden kypsentämättömien tuotteiden hyväksymiselle. Lisäksi ARO-maarodusta saatuja tietoja verrattiin kahdesta muusta pigmentoituneesta sipulimaarodusta kerättyihin tietoihin, joiden kanssa se usein erehtyi.
Biokemialliset analyysit korostivat 13 ARO-populaation makeutta, joka liittyy korkeaan liukoiseen kiintoainepitoisuuteen ja keskipitkkään pisteeseen makea sipuliteollisuuden ohjeiden mukaan. [31]. ARO-sipulit olivat makeampia kuin TRO- ja MCO-maaeläinten sipulit, ja niillä oli hieman korkeampi pistävä vaikutus. Kuitenkin sipulin makeus johtuu sokeripitoisuuden ja pisaruuden välisestä tasapainosta, joten tämä luonnehdinta voisi olla hyödyllinen tukemaan arvogenotyyppien valintaa, jota viljelijät yleensä tekevät vain morfologian perusteella.
SSR-markkerit vahvistettiin hyödylliseksi työkaluksi genotyyppien erottamiseen, vaikkakin ne kerättiin kapealta kasvualueelta, kuten Acquaviva delle Fontin kaupungista. Valituissa markkereissa oli suurempi määrä alleeleita kuin aiemmin raportoiduissa markkereissa [43] ja [44], mutta pienempi kuin raportoimat merkit [45]. Lisäksi 50 % markkereistamme osoitti PIC-indeksiarvoja yli 0.5, mikä osoittautui sopivaksi kokoelman populaatioiden erottamiseen, kuten [46]. Populaatioiden monimuotoisuuden arviointi paljasti samanlaiset arvot Ho:n ja He:n välillä, mikä johti alhaiseen Fi:ääns arvot. Tämä on sopusoinnussa palvelun ulkopuolisen luonteen kanssa A. cepa, joka kärsii vakavasti sisäsiitosmasennuksesta [47]. Koko Fis tässä tutkimuksessa huomioitujen sipulipopulaatioiden osalta laskettu arvo (0.054) oli pienempi kuin aiemmin raportoima arvo. [45] (0.22) ja lähes identtinen löytämän kanssa [31] (0.08) ja [48] (0.00), jotka arvioivat Luoteis-Espanjasta ja Nigeristä kotoisin olevien sipulimaaeläinten geneettistä monimuotoisuutta. Huomionarvoiset heterotsygoottisuustasot ARO-populaatioissa vahvistavat käsitystä, että Apulia edustaa monimuotoisuutta monille puutarhalajeille [32, 42, 49-yksi].
AMOVA korosti, että suurin osa molekyylimuuntelusta tässä tutkimuksessa genotyyppisessä kokoelmassa on populaatioissa. Kuitenkin merkittävä geneettinen erilaistuminen populaatioiden välillä (FPT arvot) paljasti geneettisen kerrostumisen esiintymisen. Itse asiassa, vaikka tuloksemme osoittivat geneettisen yhdenmukaisuuden esiintymisen useimmissa ARO-populaatioissa, jotka muodostavat hyvin määritellyn klusterin, ARO7- ja ARO12-populaatioilla oli selvästi erottuva geneettinen profiili. Tämä tulos saattaa johtua niiden siementen erilaisesta alkuperästä, joita käyttivät kaksi viljelijää, joilta populaatiot kerättiin. Lisäksi saatujen tulosten perusteella ARO-maarotua voidaan pitää geneettisellä tasolla selvästi erottuvana TRO- ja MCO-maaroduista. Tuoreessa tutkimuksessa [29] arvioi useiden italialaisten sipulimaaeläinten geneettisen monimuotoisuuden, mukaan lukien "Acquaviva", "Tropea" ja "Montoro". Vaikka kirjoittajat käyttivät SNP-markkereita arvioidakseen laajemman sipulikokoelman geneettistä monimuotoisuutta, genotyypitys ei pystynyt erottamaan "Acquavivaa" "Tropea"- ja "Montoro"-sipuleista. Todennäköisesti tämä ero johtuu alhaisesta havaitusta keskimääräisestä PIC-arvosta (0.292), mikä viittaa analysoitavien lokusten vaatimattomaan yleiseen informatiivisuuteen, kuten väittää [29]. Lisäksi alirakenteen esiintymisen tutkimiseksi heidän italialaisessa klusterissaan olisi ollut parempi analysoida italialaiset genotyypit erikseen muusta kokoelmasta. Luultavasti se olisi mahdollistanut geneettisen monimuotoisuuden mallin visualisoinnin, joka liittyy maantieteelliseen kerrostumiseen tai empiirisen valinnan piirteisiin.
Yhteenvetona voidaan todeta, että tämä tutkimus edustaa kattavaa raporttia paikalliseen kulttuuriperintöön liittyvästä ja maanviljelijöille taloudellisesti tärkeästä sipulimaarodusta. Tuloksemme korostavat, että muutamaa poikkeusta lukuun ottamatta ARO:lle on ominaista hyvin määritelty geenipooli, joka ansaitsee suojella geneettisen eroosion riskiä. Siksi edustavan kokoelman perustaminen tästä arvokkaasta geneettisen monimuotoisuuden lähteestä on ollut ratkaisevan tärkeää. Lopuksi ARO:n geneettinen ja fenotyyppinen karakterisointi saattaa olla hyödyllistä laatumerkkien saamiseksi Euroopan unionista.
Materiaalit ja menetelmät
Germplasmin kerääminen, kasvimateriaali ja DNA:n erottaminen
13 ARO maatiaisrodun populaation joukko hankittiin Apulia Region -hankkeen (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/)Acquaviva delle Fontissa, pienessä apulialaisessa kaupungissa Barin maakunnassa Italiassa, suoritettiin useita tehtäviä. Kunkin liittymisen keräyspaikat kartoitettiin maantieteellisen tietojärjestelmän (GIS) kautta ja raportoitiin taulukossa 4. Lisäksi kaksi populaatiota TRO-maarodusta ja yksi populaatio MCO-maarodusta sisällytettiin tähän tutkimukseen ja käytettiin viitteinä. Kaikki kasvimateriaali kasvatettiin samoissa ympäristöolosuhteissa Barin yliopiston koetilalla “P Martucci” (41° 1'22.08″ N, 16°54'25.95″ E), suojahäkin alla ristipölytysten välttämiseksi. populaatioiden sisäisen pölytyksen varmistaminen puhalluskärpästen avulla (Lucilia caesar). 16 populaatiota karakterisoitiin sipulin kokoon ja muotoon sekä ihon ja lihan väriin liittyvien ominaisuuksien suhteen (taulukko S1). Lisäksi suoritettiin kiinteän aineen liukoisen pitoisuuden määritys kädessä pidettävällä refraktometrillä ja sipulimehunäytteistä mitattiin pistävä vaikutus lisäämällä 2,4-dinitrofenyylihydratsiinia (0.125 % v/v 2 N HCl:ssä) ja arvioimalla absorbanssi 420 nm:ssä, kuten raportoi [31]. Duncanin monialuetesti ja SNK-testi suoritettiin merkittävien erojen määrittämiseksi.
Taulukko 4. Luettelo tässä tutkimuksessa kerätyistä ja genotyyppisistä populaatioista. Jokaiselle populaatiolle ilmoitetaan tunnistekoodi, paikallinen nimi, GPS-koordinaatti ja geenipankki, jossa siemeniä säilytetään.
Koodi | Nimi | GPS-koordinaatit | Geenipankki y |
ARO1 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Di.SSPA |
ARO2 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Di.SSPA |
ARO3 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Di.SSPA |
ARO4 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Di.SSPA |
ARO5 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Di.SSPA |
ARO6 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Di.SSPA |
ARO7 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Di.SSPA |
ARO8 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Di.SSPA |
ARO9 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54"51.372″ N 16°49"3.504" E | Di.SSPA |
ARO10 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Di.SSPA |
ARO11 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52"49.8″ N 16°49"48.575" E | Di.SSPA |
ARO12 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Di.SSPA |
ARO13 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Di.SSPA |
TRO1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Di.SSPA |
TRO2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Di.SSPA |
MCO | Cipolla ramata di Montoro | - | Di.SSPA |
y Di.SSPA, maaperä-, kasvi- ja elintarviketieteiden laitos, Barin yliopisto. |
20 genotyypin lehtimateriaalia populaatiota kohti otettiin näytteitä ja säilytettiin -80 °C:ssa käyttöön asti. Polysakkaridipitoisille lajeille, kuten A. cepa, Ensimmäiset polysakkaridin poistovaiheet ovat välttämättömiä hyvälaatuisen DNA:n saamiseksi, joten ensimmäiset pesut STE-puskurissa (0.25 M sakkaroosia, 0.03 M Tris, 0.05 M EDTA) suoritettiin kuvan mukaisesti. [52]. Kokonais-DNA uutettiin CTAB-menetelmällä [53] ja lopuksi sen laatu ja pitoisuus tarkistettiin Nano Drop 2000 UV-vis -spektrofotometrillä (ThermoScientific, Waltham, MA, USA) ja 0.8 % agaroosigeelielektroforeesilla.
SSR-analyysi
16 EST-SSR-alukeyhdistelmää, jonka on kehittänyt [54] ja testattu aiemmin geneettisissä monimuotoisuustutkimuksissa [43] ja [44] ja 21 genomista SSR:ää [45-yksi] seulottiin niiden sopivuuden arvioimiseksi (lisätaulukko S4). Genotyypitys suoritettiin käyttämällä taloudellista fluoresoivaa merkintämenetelmää, jossa M13-häntä lisätään jokaiseen eteenpäin suuntautuvaan SSR-alukkeeseen [56]. PCR-seokset valmistettiin 20 gL:n reaktiossa, joka sisälsi: 50 ng kokonais-DNA:ta, 0.2 mM dNTP-seosta, 1X PCR-reaktiopuskuria, 0.8 U DreamTaq DNA-polymeraasia (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA), 0.16 gM käänteisaluketta. 0.032 gM eteenpäin suunnattua aluketta, joka on pidennetty M13-sekvenssillä (5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3'), ja 0.08 gM yleistä M13-aluketta, joka on leimattu FAM- tai NED-fluoresoivilla väriaineilla (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA). PCR-reaktiot suoritettiin SimpliAmp (Applied Biosystems, CA, USA) lämpösyklilaitteessa seuraavissa olosuhteissa suurimmalle osalle alukepareista: 94 °C 5 minuuttia, 40 sykliä 94 °C:ssa 30 s, 58 °C. 45 s ja 72 °C 45 s ja lopullinen venymä 72 °C:ssa 5 min. Mitä tulee ACM446:een ja ACM449:ään, kosketus-PCR käytettiin lämpökäsittelyllä 60 °C - 55 °C 10 syklin aikana, 30 sykliä 55 °C:ssa, mitä seurasi viimeinen 5 minuutin pidennys 72 °C:ssa. PCR-tuotteet ladattiin 96-kuoppaiselle levylle ja sekoitettiin 14 gl:aan Hi-Di Formamidea (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) ja 0.5 gl:aan GeneScan 500 ROX Size Standardia (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Amplikonit erotettiin ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) kapillaarisekvensointikoneella, jossa alleelit pisteytettiin kodominantteiksi ja määritettiin käyttämällä GeneMapper-ohjelmistoversiota 3.7.
Ohjelmisto GenAlEx 6.5 [57] ja Cervus 3.0.7 [58] Käytettiin arvioimaan alleelien lukumäärä (Na), tehokkaiden alleelien lukumäärä (Ne), havaittu heterotsygoottisuus (Ho), odotettu heterotsygoottisuus (He), polymorfinen informaatiosisältö (PIC), Shannonin informaatioindeksi (I) ja kiinnitysindeksi (Fis). ) jokaiselle SSR-lokukselle.
Geneettisen monimuotoisuuden arviointi
Geneettisen variaation hierarkkinen jakautuminen sipulipopulaatioiden välillä ja sisällä arvioitiin GenAlEx 6.5:llä [57] molekyylivarianssin (AMOVA) analyysin avulla 999 bootstrappingin avulla merkityksen testaamiseksi. Lisäksi GenAlEx 6.5 -ohjelmistoa käytettiin arvioimaan monimuotoisuutta kunkin populaation sisällä laskemalla Ho-, He- ja Fis-arvojen keskiarvo kaikista SSR-lokuksista.
Populaatiorakenne pääteltiin Bayesin mallipohjaisella klusterointialgoritmilla, joka on toteutettu STRUCTURE v.2.3.4 -ohjelmistossa [59]. Tietojoukko ajettiin useilla hypoteettisilla klustereilla (K), jotka vaihtelivat 1 - 10, asettamalla kymmenen itsenäistä ajoa jokaista K-arvoa kohti. Jokaista ajoa varten tulosten johdonmukaisuuden varmistamiseksi suoritettiin 100,000 100,000 alkupalamisjaksoa ja XNUMX XNUMX Markov Chain Monte Carlo (MCMC) iteraatiota sekoitusmallin ja riippumattomien alleelitaajuuksien mukaisesti populaatioiden välillä. Todennäköisin K-arvo määritettiin toteuttamalla AK-menetelmää, jonka kuvaa [60], web-pohjaisessa ohjelmassa STRUCTURE HARVESTER [61]. Yksittäinen populaatio sijoitettiin tiettyyn klusteriin, kun sen jäsenyyskerroin (q-arvo) oli suurempi kuin 0.7, muuten sen katsottiin olevan sekasyntyisiä.
Pääkoordinaattianalyysi suoritettiin Nein geneettisen etäisyysmatriisin paljastamien geneettisten suhteiden visualisoimiseksi liittymien välillä (lisätaulukko S5). Alleelitaajuuksien perusteella muodostettiin dendrogrammi geneettisestä etäisyydestä käyttämällä POPTREEW-ohjelmistossa painottamatonta pariryhmämenetelmää aritmeettisten keskiarvojen (UPGMA) klusterianalyysillä. [62]. Bootstrapping käytettiin arvioimaan luotettavuutta hierarkkiseen klusterointiin asettamalla tietojoukon 100 uudelleennäytteenotto. Lopuksi MEGA X -ohjelmisto [63] käytettiin puun piirustusohjelmistona.
Täydentävät materiaalit: Seuraavat ovat saatavilla verkossa osoitteessa http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. Taulukko S1: ARO-, MCO- ja TRO-polttimoiden morfologinen luonnehdinta. Taulukko S2: Heterotsygoottisuus- ja kiinnitysindeksit laskettu ARO-maaroduille sekä TRO- ja MCO-maaroduille. Taulukko S3: Fpt-parametrin pariarvot. Taulukko S4: Luettelo tutkimuksessa käytetyistä SSR:istä. Taulukko S5. Nei geneettisen etäisyyden parikohtainen populaatiomatriisi. Kuva S1: Evannon Delta K:n kanssa muuttuvien K-arvojen viivakaavio.
Kirjoittajan tiedot: CL ja LR suunnittelivat tutkimuksen ja suunnittelivat kokeen; CL ja PI suorittivat molekyylimarkkerianalyysin; ARM ja VZ suorittivat kenttäkokeita; RM, SP, GR ja CL osallistuivat tietojen analysointiin; RM ja CL kirjoittivat käsikirjoituksen. Kaikki kirjoittajat ovat lukeneet käsikirjoituksen julkaistun version ja hyväksyneet sen.
Rahoittajat: Tätä työtä rahoitti alueellinen Apulian hanke "Apulian vihanneslajien biologinen monimuotoisuus" - Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia 2014-2020. Misura 10—Sottomisura 10.2; myöntää CUP H92C15000270002, Italia.
Kiitokset: Kiitokset kuuluu "Azienda Agricola Iannone Annalle" ja "Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquavivalle" kokeessa käytettyjen kasvimateriaalien toimittamisesta.
Eturistiriidat: Tekijät eivät ilmoita eturistiriitoja.
Viitteet
- 1. Stearn, WT Kuinka monta Allium-lajia tunnetaan? Kew Mag. 1992, 9, 180-182. [CrossRef]
- 2. FAOSTAT. FAO:n tilastotietokanta. Saatavilla verkossa: http://www.fao.org/2017 (käytetty 8. tammikuuta 2019).
- 3. Block, E. Valkosipulin ja sipulin kemia. Sei. Olen. 1985, 252, 114-119. [CrossRef]
- 4. Lee, B.; Jung, JH; Kim, HS Punasipulin antioksidanttiaktiivisuuden arviointi rotalla. Food Chem. Toksikoli. 2012, 50, 3912-3919. [CrossRef]
- 5. Lee, SM; Moon, J.; Chung, JH; Cha, YJ; Shin, MJ Kversetiiniä sisältävien sipulinkuoriuutteiden vaikutus valtimotromboosiin rotilla. Food Chem. Toksikoli. 2013, 57, 99-105. [CrossRef] [PubMed]
- 6. Yoshinari, O.; Shiojima, Y.; Igarashi, K. Sipuliuutteen liikalihavuuden vastaiset vaikutukset cucker-diabeettisissa rasvarotissa. Ravinteet 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Akash, MSH; Rehman, K.; Chen, S. Maustekasvi Allium cepa: Ravintolisä tyypin 2 diabeteksen hoitoon. Ravitsemus 2014, 30, 1128-1137. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Wang, Y.; Tian, WX; Ma, XF sipulin estävät vaikutukset (Allium cepa L.) uute syöpäsolujen ja rasvasolujen lisääntymiseen estämällä rasvahapposyntaasia. Aasian Pac. J. Cancer Ed. 2012,13, 5573-5579. [CrossRef] [PubMed]
- 9. Lai, WW; Hsu, SC; Chueh, FS; Chen, YY; Yang, JS; Lin, JP; Lien, JC; Tsai, CH; Chung, JG Kversetiini estää ihmisen SAS-suusyöpäsolujen migraatiota ja tunkeutumista estämällä NF-kappaB:n ja matriisin metalloproteinaasi-2/-9-signalointireittejä. Anticancer Res. 2013, 33, 1941-1950. [PubMed]
- 10. Nicastro, HL; Ross, SA; Milner, JA Valkosipuli ja sipulit: Niiden syöpää ehkäisevät ominaisuudet. Syöpä Edellinen. Res. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Forte, L.; Torricelli, P.; Boanini, E.; Gazzano, M.; Rubini, K.; Fini, M.; Bigi, A. Kversetiinifunktionalisoidun hydroksiapatiitin antioksidantti- ja luun korjausominaisuudet: In vitro osteoblasti-osteoklasti-endoteliaalisolujen yhteisviljelytutkimus. Acta Biomater. 2016, 32, 298-308. [CrossRef]
- 12. Yamazaki, Y.; Iwasaki, K.; Mikami, M.; Yagihashi, A. Yhdentoista makuprekursorin, S-Alk(en)yyli-L-kysteiinijohdannaisten, jakelu seitsemässä Allium-vihanneksessa. Food Sci. Technol. Res. 2011, 17, 55-62. [CrossRef]
- 13. Block, E. Suvun Allium-orgaaninen rikkikemia – vaikutukset rikin orgaaniseen kemiaan. Angew. Chem. Int. Ed. Eng. 1992, 31, 1135-1178. [CrossRef]
- 14. Griffiths, G.; Trueman, L.; Crowther, T.; Thomas, B.; Smith, B. Sipulit – Maailmanlaajuinen hyöty terveydelle. Phytother. Res. 2002,16, 603-615. [CrossRef]
- 15. Schwimmer, S.; Weston, WJ Pyruviinihapon entsymaattinen kehitys sipulissa pistävän voimakkuuden mittana. J. Agric. Food Chem. 1961, 9, 301-304. [CrossRef]
- 16. Ketter, CAT; Randle, WM Pitkyyden arviointi sipulissa. Sisään Testatut tutkimukset laboratorioopetusta varten; Karcher, SJ, toim.; Association for Biology Laboratory Education (ABLE): New York, NY, USA, 1998; 19. osa, s. 177-196.
- 17. Hanelt, P Taksonomia, evoluutio ja historia. Sisään Onions and Allied Crops, voi. I. Kasvitiede, fysiologia ja genetiikka; Rabinowitch, HD, Brewster, JL, toim.; CRC Press: Boca Raton, FL, USA, 1990; s. 1-26.
- 18. Rabinowitch, HD; Currah, L. Allium Crop Science: Viimeaikaiset edistysaskeleet; CABI-julkaisu: Wallingford, Iso-Britannia, 2002.
- 19. Mallor, C.; Carravedo, M.; Estopanan, G.; Mallor, F. Sipulin geneettisten resurssien karakterisointi (Allium cepa L.) Espanjan toissijaisesta monimuotoisuuden keskuksesta. Span. J. Agric. Res. 2011, 9, 144-155. [CrossRef]
- 20. Ferioli, F.; D'Antuono, LF Fenolien ja kysteiinisulfoksidien arviointi paikallisessa sipulin ja salottisipulin ituplasmassa Italiasta ja Ukrainasta. Genet. Resurssi. Crop Evol. 2016, 63, 601-614. [CrossRef]
- 21. Petropoulos, SA; Fernandes, A.; Barros, L.; Ferreira, ICFR; Ntatsi, G. Morfologinen, ravitsemuksellinen ja kemiallinen kuvaus 'vatikiotiko'sta, paikallisesta sipulimaalaisrodusta Kreikasta. Food Chem. 2015,182, 156-163. [CrossRef]
- 22. Liguori, L.; Adiletta, G.; Nazzaro, F.; Fratianni, F.; Di Matteo, M.; Albanese, D. Eri sipulilajikkeiden biokemialliset, antioksidanttiset ominaisuudet ja antimikrobinen aktiivisuus Välimeren alueella. J. Food Meas. Luonne. 2019,13, 1232-1241. [CrossRef]
- 23. Yoo, KS; Pike, L.; Crosby, K.; Jones, R.; Leskovar, D. Lajikkeiden, kasvuympäristön ja sipulien koon aiheuttamat erot sipulin pistävässä määrin. Sci. Hortic. 2006,110, 144-149. [CrossRef]
- 24. Beesk, N.; Perner, H.; Schwarz, D.; George, E.; Kroh, LW; Rohn, S. Kversetiini-3-, 4'-O-diglukosidin, kversetiini-4'-O-monoglukosidin ja kversetiinin jakautuminen sipulisipulin (Allium cepa L.) eri osiin genotyypin vaikutuksesta. Food Chem. 2010,122, 566-571. [CrossRef]
- 25. Caruso, G.; Conti, S.; Villari, G.; Borrelli, C.; Melchionna, G.; Minutolo, M.; Russo, G.; Amalfitano, C. Istutusajan ja kasvitiheyden vaikutukset sipulin satoon, laatuun ja antioksidanttipitoisuuteen (Allium cepa L.) Etelä-Italiassa. Sci. Hortic. 2014,166, 111-120. [CrossRef]
- 26. Perez-Gregorio, MR; Regueiro, J.; Simal-Gandara, J.; Rodrigues, AS; Almeida, DPF Sipulin lisäarvon lisääminen antioksidanttisten flavonoidien lähteenä: kriittinen katsaus. Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Pohnl, T.; Schweiggert, RM; Carle, R. Viljelymenetelmän ja lajikkeen valinnan vaikutus liukoisiin hiilihydraatteihin ja sipulin pistävään aineeseen (Allium cepa L.). J. Agric. Food Chem. 2018, 66, 12827-12835. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Tedesco, I.; Carbone, V.; Spagnuolo, C.; Minasi, P.; Russo, GL Flavonoidien tunnistaminen ja kvantifiointi kahdesta eteläitalian lajikkeesta Allium cepa L., Tropea (punasipuli) ja Montoro (kuparisipuli) ja niiden kyky suojata ihmisen punasoluja oksidatiiviselta stressiltä. J. Agric. Food Chem. 2015, 63, 5229-5238. [CrossRef]
- 29. Villano, C.; Esposito, S.; Carucci, F.; Frusciante, L.; Carputo, D.; Aversano, R. Korkean suorituskyvyn genotyypitys sipulissa paljastaa geneettisen monimuotoisuuden rakenteen ja informatiiviset SNP:t, jotka ovat hyödyllisiä molekyylijalostuksessa. Mol. Rotu. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Mercati, F.; Longo, C.; Poma, D.; Araniti, F.; Lupini, A.; Mammano, MM; Fiore, MC; Abenavoli, MR; Sunseri, F Italialaisen pitkän säilyvyyden tomaatin geneettinen muunnelma (Solanum lycopersicum L.) kerääminen käyttämällä SSR:ää ja morfologisia hedelmän ominaisuuksia. Genet. Resurssi. Crop Evol. 2014, 62, 721-732. [CrossRef]
- 31. Gonzalez-Perez, S.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Merino, F.; Taboada, A.; Rivera, A.; Pomar, F.; Perovic, D.; Silvar, C. Geneettisen monimuotoisuuden ja laatuominaisuuksien tutkiminen sipulikokoelmassa (Allium cepa L.) Luoteis-Espanjasta kotoisin olevat maarodut. Genetiikka 2015, 47, 885-900. [CrossRef]
- 32. Lotti, C.; Iovieno, P.; Centomani, I.; Marcotrigiano, AR; Fanelli, V.; Mimiola, G.; Summo, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Kaalin geneettinen, bioagronominen ja ravitsemuksellinen karakterisointi (Brassica oleracea L. var. acephala) monimuotoisuutta Apuliassa, Etelä-Italiassa. Monimuotoisuus 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Bardaro, N.; Marcotrigiano, AR; Bracuto, V.; Mazzeo, R.; Ricciardi, F.; Lotti, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Resistenssin geneettinen analyysi Orobanche crenata (Haarukka.) herneessä (Pisum sativum L.) vähän strigolaktonia sisältävä linja. J. Plant Pathol. 2016, 98, 671-675.
- 34. Wako, T.; Tsukazaki, H.; Yaguchi, S.; Yamashita, K.; Ito, S.; Shigyo, M. Kvantitatiivisten piirteiden lokusten kartoitus pulttausaikaan nippusipulissa (Allium fistulosum L.). Euphytica 2016, 209, 537-546. [CrossRef]
- 35. Dhaka, N.; Mukhopadhyay, A.; Paritosh, K.; Gupta, V.; Pental, D.; Pradhan, AK Geenien SSR:ien tunnistaminen ja SSR-pohjaisen linkityskartan rakentaminen Brassica juncea. Euphytica 2017, 213, 15. [CrossRef]
- 36. Anandhan, S.; Mote, SR; Gopal, J. Sipulin lajikkeen identiteetin arviointi käyttämällä SSR-markkereita. Seed Sei. Technol. 2014, 42, 279-285. [CrossRef]
- 37. Mitrova, K.; Svoboda, P.; Ovesna, J. Tsekin tasavallasta peräisin olevien sipulilajikkeiden erottamiseen tarkoitetun merkkisarjan valinta ja validointi. Tšekki J. Genet. Kasvinrotu. 2015, 51, 62-67. [CrossRef]
- 38. Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Montemurro, C. Apulian oliivin ituplasman biologisen monimuotoisuuden säilyttäminen ja karakterisointi. Acta Hortic. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Mallor, C.; Arnedo-Andres, A.; Garces-Claver, A. Espanjan geneettisen monimuotoisuuden arviointi Allium cepa sipulinjalostukseen mikrosatelliittimarkkereita käyttäen. Sci. Hortic. 2014,170, 24-31. [CrossRef]
- 40. Rivera, A.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Garcia-Ulloa, A.; Pomar, F.; Silvar, C. Sipulin geneettisen monimuotoisuuden arviointi (Allium cepa L.) Luoteis-Espanjasta kotoisin olevat maarodut ja vertailu eurooppalaiseen vaihteluun. NZJ Crop Hortic. 2016, 44, 103-120. [CrossRef]
- 41. De Giovanni, C.; Pavan, S.; Taranto, F.; Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Marcotrigiano, AR; Mangini, G.; Montemurro, C.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Kikherneen globaalin ituplasmakokoelman geneettinen variaatio (Cicer arietinum L.) mukaan lukien Italian liittymiset, jotka ovat vaarassa geneettiseltä eroosiolta. Physiol. Mol. Biol. Kasveja 2017, 23, 197-205. [CrossRef]
- 42. Mazzeo, R.; Morgese, A.; Sonnante, G.; Zuluaga, DL; Pavan, S.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Genetic diversity in parsakaali rabe (Brassica rapa L. subsp. sylvestris (L.) Janch.) Etelä-Italiasta. Sci. Hortic. 2019, 253, 140-146. [CrossRef]
- 43. Jakse, M.; Martin, W.; McCallum, J.; Havey, M. Yhden nukleotidin polymorfismit, indelit ja yksinkertaiset sekvenssitoistot sipulilajikkeen tunnistamiseen. J. Am. Soc. Hortic. Sci. 2005,130, 912-917. [CrossRef]
- 44. McCallum, J.; Thomson, S.; Pither-Joyce, M.; Kenel, F. Geneettinen monimuotoisuusanalyysi ja yhden nukleotidin polymorfismimarkkerien kehittäminen viljellyssä sipulissa, joka perustuu ekspressoituihin sekvenssimerkkeihin - yksinkertaisiin sekvenssitoistomarkkereihin. J. Am. Soc. Hortic. Sci. 2008,133, 810-818. [CrossRef]
- 45. Baldwin, S.; Pither-Joyce, M.; Wright, K.; Chen, L.; McCallum, J. Vankkaiden genomisen yksinkertaisen sekvenssin toistomarkkerien kehittäminen geneettisen monimuotoisuuden arvioimiseksi sipulin sisällä ja niiden välillä (Allium cepa L.) populaatiot. Mol. Rotu. 2012, 30, 1401-1411. [CrossRef]
- 46. DeWoody, JA; Honeycutt, RL; Skow, LC Mikrosatelliittimerkit valkohäntäpeuraa. J. Hered. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Khodadadi, M.; Hassanpanah, D. Iranilainen sipuli (Allium cepa L.) -lajikkeet reagoivat sisäsiitosmasennustilaan. Maailman sovellus. Sci. J. 2010,11, 426-428.
- 48. Abdou, R.; Bakasso, Y.; Saadou, M.; Baudoin, JP; Hardy, OJ Niger-sipulien geneettinen monimuotoisuus (Allium cepa L.) arvioitiin yksinkertaisilla sekvenssitoistomarkkereilla (SSR). Acta Hortic. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Pavan, S.; Lotti, C.; Marcotrigiano, AR; Mazzeo, R.; Bardaro, N.; Bracuto, V.; Ricciardi, F.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Schiavulli, A.; et ai. Erillinen geneettinen klusteri viljellyssä kikherneessä, kuten genominlaajuinen markkerilöytö ja genotyypitys paljastivat. Kasvin genomi 2017, 2017,10. [CrossRef]
- 50. Pavan, S.; Marcotrigiano, AR; Ciani, E.; Mazzeo, R.; Zonno, V.; Ruggieri, V.; Lotti, C.; Ricciardi, L. Melonin genotyypitys sekvensoimalla (Cucumis melo L.) ituplasmakokoelma toissijaisesta monimuotoisuuden keskuksesta korostaa geneettisen variaation malleja ja eri geenipoolien genomisia ominaisuuksia. BMC Genom. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Di Rienzo, V.; Sion, S.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Montemurro, C.; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Boucheffa, S.; Tamendjari, A.; Pasqualone, A.; et ai. Välimeren altaan oliivipopulaatioiden geneettinen virtaus. Peer J. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Shepherd, LD; McLay, TG Kaksi mikromittakaavan protokollaa DNA:n eristämiseksi polysakkaridirikkaasta kasvikudoksesta. J. Plant Res. 2011,124, 311-314. [CrossRef]
- 53. Doyle, JJ; Doyle, JL Kasvi-DNA:n eristäminen tuoreesta kudoksesta. Keskittää 1990,12, 13-14.
- 54. Kuhl, JC; Cheung, F.; Qiaoping, Y.; Martin, W.; Zewdie, Y.; McCallum, J.; Catanach, A.; Rutherford, P.; Pesuallas, KC; Jenderek, M.; et ai. Ainutlaatuinen 11,008 XNUMX sipulissa ilmennetyn sekvenssimerkin sarja paljastaa ekspressoituneen sekvenssin ja genomisen erot yksisirkkaisten parsa- ja poales-lahkojen välillä. Kasvisolu 2004,16, 114-125. [CrossRef]
- 55. Kim, HJ; Lee, HR; Hyun, JY; Song, KH; Kim, KH; Kim, JE; Hur, CG; Harn, CH Marker-kehitys sipulin geneettisen puhtauden testaamiseen SSR Finderilla. Korean J. Rotu. Sci. 2012, 44, 421-432. [CrossRef]
- 56. Schuelke, M. Taloudellinen menetelmä PCR-fragmenttien fluoresoivaan leimaamiseen. Nat. Biotekniikka. 2000, 18, 233-234. [CrossRef] [PubMed]
- 57. Peakall, R.; Smouse, PE GenAlEx 6.5: Geneettinen analyysi Excelissä. Väestögeneettinen ohjelmisto opetukseen ja tutkimukseen: päivitys. bioinformatiikka 2012, 28, 2537-2539. [CrossRef] [PubMed]
- 58. Kalinowski, ST; kartiomainen, ML; Marshall, TC Sen tarkistaminen, miten tietokoneohjelma CERVUS ottaa huomioon genotyyppivirheen, lisää onnistumista isyyden määrittämisessä. Mol. Ecol. 2007,16, 1099-1106. [CrossRef]
- 59. Pritchard, JK; Stephens, M.; Rosenberg, NA; Donnelly, P. Assosiaatiokartoitus strukturoiduissa populaatioissa. Olen. J. Hum. Genet. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Evanno, G.; Regnaut, S.; Goudet, J. Yksilöiden lukumäärän havaitseminen ohjelmistolla RAKENNE: Simulaatiotutkimus. Mol. Ecol. 2005,14, 2611-2620. [CrossRef]
- 61. Earl, D.; VonHoldt, B. STRUCTURE HARVESTER: Verkkosivusto ja ohjelma RAKENNE-tuotannon visualisointiin ja Evanno-menetelmän toteuttamiseen. Conserv. Genet. Resurssi. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Takezaki, N.; Nei, M.; Tamura, K. POPTREEW: POPTREE:n verkkoversio populaatiopuiden rakentamiseen alleelitaajuusdatasta ja joidenkin muiden suureiden laskemiseen. Mol. Biol. Evol. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Kumar, S.; Stecher, G.; Li, M.; Knyaz, C.; Tamura, K. MEGA X. Molecular Evolutionary Genetics Analysis eri laskenta-alustoilla. Mol. Biol. Evol. 2018, 35, 1547-1549. [CrossRef]